赤霉病：属气候性病害，赤霉病的危害有三个方面：一是产量降低。二是种子质量差，被害严重的子粒皱缩空秕。三是病麦含有毒素。人吃病麦后，会引起四肢无力、头昏、发热、腹胀、腹泻和呕吐，最后肝脏出血。猪、马、狗的毒性反应最敏感。小麦赤霉病由多种镰刀菌属的真菌引起。发育最适温度为24—28℃，最低8℃、最高32℃，在相对湿度80—100%时发育最好。化学防治亩用37.5%粉多威可湿性粉剂或43%麦穗宁可湿性粉剂，或50%多菌灵可湿性粉剂100克兑水60公斤喷雾。

白粉病：白粉病是四川小麦的主要病害之一。发生普遍，危害较重。化学防治亩用15%粉锈宁可湿性粉剂100克，或40%禾枯宁可湿性粉剂75克兑水60公斤喷雾。

小麦纹枯病：由过去的次要病害上升为主要防治对象。一般发病株率10—30%时，亩用井岗霉素水溶性剂粉25克兑水60公斤喷麦株基部。

麦蚜：麦蚜除危害小麦、大麦外，还危害玉米、高梁、水稻及禾本科杂草，如野麦、狗尾草、稗草、鹅冠草等。禾缢管蚜还危害苹果、桃、李等果树。化学防治亩用22%蚜虱灵15克或25%水分散粒剂阿克泰2克兑水60公斤喷雾。

麦蜘蛛：常见的有麦圆蜘蛛和长腿蜘蛛两种。麦蜘蛛在四川一年发生3代，从小麦出苗后即侵入麦田危害。当百株蜘蛛量分蘖期达200—300头，拔节、孕穗期达500头以上。目测大部叶片有10%的叶面积有失绿斑点。有的斑点连接成片时，亩用20%银星10克兑水60公斤喷雾。