菌核病：油菜菌核病是十字花科的重要病害之一。一般先从幼苗的基部发生软腐，以后扩展到全苗，叶片变青灰色烫伤状腐烂。病斑上长出白色棉丝状菌丝，并向四周健苗扩展，常常引起成团枯死或整窝枯死。化学防治亩用50%速克灵100克，或30%百霉威50克，或20%施美特25毫升，或70%甲基托布津100克兑水50公斤喷雾。
霜霉病：油菜霜霉病和白锈病，都是专性寄生菌，只能在活的寄主植物上寄生生活，以卵孢子随病株残体(叶、茎、果荚等)而散落在土壤中越夏、越冬。化学防治亩用25%瑞毒霉50克，或70%乙磷铝锰锌100克，或58%甲霜灵锰锌100克兑水50公斤喷雾。
油菜蚜虫：四川省危害油菜的蚜虫，主要是萝卜蚜和桃蚜两种。两种蚜虫的成、若蚜，均以针状口器吸取油菜体内的汁液。带有病毒的蚜虫，在健苗上吸汁5分钟，就能把病毒传给健苗，使叶片变形，植株矮缩，影响产量大。防治方法和小麦蚜虫一样。